Территория Б. и Т. е. первоначально входила в состав Камчатской епархии, центр к-рой с 1 дек. 1858 г. находился в Благовещенске (с 1870 епархия именовалась Камчатской, Курильской и Благовещенской). 1 янв. 1899 г. Камчатская епархия была разделена на Благовещенско-Приамурскую и Владивостокско-Камчатскую епархии. 9 февр. 1899 г. в Томске во епископа Благовещенского был хиротонисан Иннокентий (Солодчин), ранее служивший в Алтайской духовной миссии. В Благовещенской епархии в момент ее образования действовало 66 приходов, из них казачьих приходов по Амуру - 21. На 1 янв. 1900 г. в Благовещенской епархии существовали 81 храм и 99 часовен, служили 5 протоиереев, 71 священник и 19 диаконов, население правосл. вероисповедания составляло 137 тыс. 978 чел. В 1899 г. духовная миссия Благовещенской епархии имела 16 станов: 5 - в гольдском отд-нии, 11 - в гилякском. Миссионеры епархии проповедовали Православие среди гольдов, гиляков, тунгусов, нигитдальцев и орочон. В Благовещенске продолжала действовать Благовещенская ДС (открыта в 1871), при к-рой начали выходить «Благовещенские епархиальные ведомости». 26 марта 1900 г. по инициативе ректора семинарии было открыто Иоанно-Богословское братство для помощи ученикам духовных учебных заведений.
С 1868 г. в Благовещенске хранилась Албазинская «Слово плоть бысть» икона Божией Матери. В 1900 г., во время боксерского восстания в Китае, восставшие китайцы 19 дней обстреливали малозащищенный Благовещенск. Еп. Иннокентий при участии духовенства и жителей города служил перед Албазинской иконой Божией Матери молебны с акафистами. Кафедральный собор в честь Благовещения Пресв. Богородицы (освящен в 1864) остался неповрежденным. Благодарные жители Благовещенска увидели в этом заступничество Божией Матери.
24 сент. 1900 г. еп. Иннокентий ушел на покой. 17 дек. того же года на Благовещенскую кафедру был назначен еп. Никодим (Боков). Он предпринимал миссионерские путешествия и проповедовал Православие коренным народам Приамурья. По инициативе еп. Никодима в Благовещенской епархии стали проводиться ежегодные съезды благочинных и депутатов духовенства. 14 июня 1905 г. Святейший Синод постановил учредить в Зазейском крае в устье р. Бурунды муж. мон-рь в честь Успения Божией Матери. В февр. 1908 г. в мон-рь была принесена в дар с Афона икона вмч. Пантелеимона, в 1915 г. при мон-ре открылась церковноприходская школа, в к-рой обучалось 12 мальчиков. 3 нояб. 1906 г. Благовещенским епископом стал Владимир (Благоразумов). При нем в 1908 г. учрежден Благовещенский жен. мон-рь в честь Албазинской иконы Божией Матери. При еп. Евгении (Бережкове), в 1909-1914 гг., в Благовещенской епархии построили 20 церквей, было получено разрешение на строительство еще 11 храмов, открыто ок. 50 церковноприходских школ. 11 июля 1914 г. на Благовещенскую кафедру был назначен сщмч. еп. Евгений (Зёрнов). К 1917 г. в Благовещенской епархии насчитывалось 76 храмов (в Благовещенске - более 20), 2 мон-ря, 83 церковноприходские школы (в них училось более 4 тыс. чел.), 91 священник и 17 диаконов.
В 1918 г. Благовещенскую ДС разграбили красноармейцы и она закрылась, прекратился выпуск «Благовещенских ЕВ» (вероятно, последний номер - № 2/3 от 15 февр. 1918). После окончания гражданской войны и установления советской власти на Дальн. Востоке (нояб. 1922) начались активные гонения на Церковь. В ночь с 27 на 28 авг. 1923 г. еп. Евгений был арестован и заключен в тюрьму Благовещенска. 1 сент. от кафедрального собора прошел крестный ход с требованием освободить архиерея. Однако еп. Евгений вскоре был вывезен в Читу, затем выслан в Москву. 30 нояб. 1923 г. он был возведен в сан архиепископа, в мае 1924 г. вошел в состав Свящ. Синода при Патриархе Московском свт. Тихоне, в 1924-1927 гг. находился в Соловецком лагере, принимал участие в составлении «Соловецкого послания» (июль 1926), в 1927-1929 гг. был в ссылке. До назначения в авг. 1930 г. на Белгородскую кафедру архиеп. Евгений продолжал носить титул Благовещенского архиерея. В 20-30-х гг. все правосл. храмы в Благовещенске были разрушены. В 1924 г. сгорел кафедральный собор, Албазинская икона Божией Матери до 1938 г. находилась в Ильинской часовне, затем - в запасниках Амурского областного краеведческого музея. 12 сент. 1930 г. на Благовещенскую кафедру был назначен еп. Иннокентий (Тихонов), 2 окт. 1932 г.- сщмч. еп. Герман (Коккель). Сведений о том, что они смогли вступить в управление Благовещенской епархией, нет.
В 20-х - нач. 30-х гг. существовала обновленческая Благовещенская кафедра, к-рую занимали Александр Введенский 2-й (апр.-июнь 1923), Григорий Климчук (сент. 1924 - окт. 1927) и Феодор Турбин (июль 1931 - февр. 1932). В июле 1927-1929 г. григорианский раскол в Благовещенской епархии возглавлял Иринарх Павлов.
С сер. 30-х гг. Благовещенская кафедра не замещалась, в 1946 г. территория бывш. Благовещенской епархии вошла в состав новоучрежденной Хабаровской епархии (в 1958-1988 управлялась Иркутскими архиереями). В 1946 г. в Благовещенске открыли правосл. приход, к-рому было передано здание бывш. костела (построен в 1903), поскольку ни одного правосл. храма в городе не сохранилось. В 1991-1993 гг. Благовещенск являлся 2-м кафедральным городом Хабаровской и Благовещенской епархии. 7 нояб. 1991 г. торжественным крестным ходом Албазинская икона Божией Матери была возвращена из Амурского краеведческого музея в кафедральный собор Благовещенска.
28 дек. 1993 г. решением Свящ. Синода РПЦ была учреждена Б. и Т. е., временно управлял епархией Хабаровский еп. Иннокентий (Васильев).
. 21 апр. 1994 г. епископом Благовещенским был назначен Гавриил (Стеблюченко), к этому времени в Б. и Т. е. действовало 3 прихода. Весной 1997 г. началось строительство нового Благовещенского кафедрального собора на месте разрушенных церквей во имя свт. Николая Чудотворца и Покрово-Никольской. В 1998 г., во время приезда еп. Гавриила с Албазинской иконой Божией Матери в Тынду, в городе был заложен Свято-Троицкий храм. В 1997 г. в честь 200-летия со дня рождения свт. Иннокентия (Вениаминова) в центре Благовещенска установили памятник святителю, а прилегающий к памятнику переулок был назван его именем. В с. Иннокентьевка Архаринского р-на Амурской обл. в 1997 г. был открыт приход во имя свт. Иннокентия. 25 мая - 9 июня 1997 г. еп. Гавриилом организовано паломническое плавание на теплоходе «Миклухо-Маклай» с Албазинской иконой Божией Матери из Благовещенска в Николаевск-на-Амуре и др. места, связанные с миссионерской деятельностью свт. Иннокентия.
Благовещенская и Тындинская епархия объединяет приходы и монастыри РПЦ, в границах Амурской обл. Кафедральный город - Благовещенск. Кафедральный собор - в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. Епархия разделена на благочинниия: Центральное, Белогорское и Мазановское, Бурейское и Архаринское, Северное, Шимановское и Сковородинское, Свободненское. Правящий архиерей - еп. Лукиан (Куценко; с 1 фев. 2018 г. архиепископ). На 2018 г. в епархии действовало 38 храмов, 25 часовен, 32 молитвенных помещания (дома и комнаты), 3 монастыря, В клире епархии состоит 50 священников (из них 20 монашествующих) и 6 диаконов. При епархиальном управлении действуют следующие отделы: миссионерский во имя свт. Иннокентия (имеет церковь-вагон, курсирующий по Байкало-Амурской магистрали), милосердия и благотворительности, по связям с Вооруженными Силами и правоохранительными органами, по работе с молодёжью, паломнический, по взаимодействию с казачеством, комиссия по делам семьи. В епархии 12 воскресных школ. На базе Общественного ун-та пожилого человека в г. Благовещенске действуют катехизические курсы для взрослых. В г. Благовещенске при Духовно-просветительском центре свт. Иннокентия, митр. Московского с 2014 г. действовали трехгодичные богословские курсы с регентскими и иконописными классами. 15 окт. 2015 г. богословские курсы были преобразованы в Благовещенское ДУ.
Епархиальные СМИ. В Б. и Т. е. издается ежемесячная правосл. газ. "Благовещенские ЕВ", миссионерский отдел ежемесячно выпускает информационно-просветительскую газету "Благовещение" Выходит информационный листок клуба "Православная гостинная" - "Колокол", издается спец. приложение к газ. "БАМ" - "Православный БАМ", выходят в эфир еженедельные телепередачи «Свет православия» и «Православие Приамурья».
Святыни и крестные ходы: Покровительницей Амурской земли является чудотворная Албазинская "Слово плоть бысть икона Божией Матери" 22 марта, в день ее памяти, в Благовещенске совершается крестный ход.
Архиереи: еп. Иннокентий (Солодчин; 9.02.1899 - 24.09.1900), еп. Никодим (Боков; 17.12.1900 - 3.11.1906), еп. Владимир (Благоразумов; 3.11.1906 - 22.05.1909), еп. Евгений (Бережков; 22.05.1909-11.07.1914), архиеп. сщмч. Евгений (Зёрнов; 11.07.1914 - 13.08.1930), еп. Иннокентий (Тихонов; 12.09.1930 - 19.09.1932), сщмч. еп. Герман (Коккель; 2.10.1932-1935), с 1935 г. кафедра не замещалась, в 1946-1993 гг. территория Б. и Т. е. входила в Хабаровскую епархию, с 28 дек. 1993 г. епархией временно управлял Хабаровский еп. Иннокентий (Васильев), архиеп. Гавриил (Стеблюченко; 21.04.1994-5 окт. 2011 г.); Лукиан (Куценко; с 16 окт. 2011 г., с 1 февр. 2018 г. архиепископ).
Монастыри: Тындинский женский в честь Покрова Пресвятой Богородицы (учрежден в 2002), в честь Албазинской иконы Божией Матери жен. (ок. г. Зея, учрежден в 2002).